Korkeinta päätösvaltaa EK:ssa käyttää 125-henkinen edustajisto. Se kokoontuu kahdesti vuodessa ja sen tärkeimpiä tehtäviä on valita EK:n hallitus sekä hyväksyä talousarvio ja toimintasuunnitelma.
Hallitus ja sen työvaliokunta johtavat EK:n toimintaa. Hallitus myös valitsee toimitusjohtajan sekä nimittää jäsenet valiokuntiin ja yrittäjävaltuuskuntaan.
EK:n toimitusjohtaja Jyri Häkämies johtaa keskusliiton organisaatiota sekä valmistelee edustajiston, hallituksen ja työvaliokunnan kokouksissa käsiteltävät asiat. Toimitusjohtajan alaisuudessa on noin 80 henkilöä Helsingissä ja Brysselissä.
Johtoryhmässä ovat edustettuina keskeiset edunvalvonta-alueet ja järjestön hallinto.
Pk-edunvalvonnan tärkeimpänä taustavoimana on EK:n Yrittäjävaltuuskunta, joka koostuu sadasta eturivin yrittäjästä eri puolilta Suomea. Kyseessä on neuvoa-antava elin, jonka jäsenet välittävät oman toimialansa näkemyksiä EK:n vaikuttamistyön tueksi.
Yritysvaikuttajista koostuvat valiokunnat toimivat neuvoa-antavina eliminä ajankohtaisissa edunvalvontakysymyksissä ja valmistelevat pidemmän aikavälin strategioita.
